A ação do Santo Ofício

Com o decorrer do tempo, a inquisição desenvolveu um funcionamento próprio. Seus processos orientavam-se por um regime interno onde estavam sistematizadas as leis, jurisprudências, ordens e praxes do tempo. As investigações começavam com publicação do "édito de graça" através do qual a população, durante trinta ou quarenta dias, era conclamada a vir confessar suas faltas ou denunciar alheias.
Constava como crime aos olhos do Santo Ofício, qualquer ofensa à fé ou aos costumes, como judaísmo, heresia protestante, usura, blasfêmia, bigamia, etc. Era considerado crime de judaísmo acender velas ou colocar toalhas limpas à entrada do Sábado, não comer carne de porco ou peixes sem escamas, observar os jejuns do dia do perdão ou da rainha Ester.
O édito era publicado em geral no primeiro domingo da Quaresma. Ficavam os fiéis obrigados, sob a pena de excomunhão maior, a denunciar "se sabem ou ouviram" que algum cristão batizado tivesse dito ou feito alguma das coisas que no edital eram declaradas.
A base do processo era constituída, pois, pelas denúncias e confissões.
Aquele que tivesse ciência de algum comportamento mencionado no edital e não viesse revelar, era perseguido pela Inquisição como "fautor de hereges" isto é, pelo crime de acobertar culpas de hereges. O Santo Ofício acolhia denúncias de quem quer que fosse, inclusive através de cartas anônimas.
O crédito da testemunha dependia exclusivamente do arbítro dos inquisidores. Admitiam-se não somente testemunhas oculares como as "de ouvida" e, inclusive denúncias de menores indícios ou presunções.
Depois de preso, o réu era submetido a longos interrogatórios, não lhe sendo comunicado o motivo de sua prisão, nem o crime de que era acusado, ou qual o seu denunciante. O advogado de defesa era nomeado pelo Santo Ofício. Os réus que se declaravam arrependidos eram "reconciliados" com a Igreja e abjuravam de levi ou de vehementi. Quando absolvidos, o réus assinavam o "termo de segredo", jurando que nada do que se passara portas a dentro do Santo Ofício seria jamais revelado. A violação do segredo era equiparada ao crime de heresia.