Possessões espanholas

Grande número de conversos cristãos-novos se estabeleceu no Novo Mundo, apesar das contínuas proibições da coroa e do papa. Qualquer pessoa que quisesse entrar nas colônias devia provar que era cristã pelo menos há quatro gerações. Tiveram tribunais da Inquisição o México, as Filipinas, Guatemala, Peru, Nova Granada e Canárias. Em 1519, foram nomeadas inquisidores apostólicos para as colônias da América espanhola.

Em 1528, efetuou-se o primeiro auto-de-fé na Cidade do México, sendo queimados três indivíduos acusados de judaizantes e um companheiro de Hernán Cortês (1485-1547). O tribunal independente foi estabelecido sob ordens de Filipe II, em 1571 principalmente contra grande número de hereges portugueses. O primeiro auto-de-fé realizou-se a 28 de fevereiro de 1574. Uma das vítimas de Nueva Leon, Luis de Carvajal, queimado vivo por herege, junto com sua mãe e cinco irmãs. O maior auto-de-fé conhecido fora da península Ibérica realizou-se no México, a 11 de abril de 1649, quando foram penitenciados 108 judaizantes. A Inquisição foi em 1820, tendo realizado 60 autos-de-fé. Os réus da Guatemala eram também julgados no México.

No Peru, instalou-se um tribunal em 1570, apesar de já existir desde 1539 a Inquisição episcopal.

Até 1805 realizaram-se 34 autos-de-fé em Lima, sendo elevado o número de judaizantes punidos. A mais feroz perseguição deu-se no ano de 1635 quando se anunciou a descoberta de um número considerável de cripto-judeus entre os moradores portugueses. A Inquisição continuou no Peru até 1806.

Em 1610, um novo tribunal foi estabelecido na região de Cartagena, com autoridade sobre Nova Granada (a atual Colônia) e também sobre as ilhas Caraíbas. O primeiro auto-de-fé realizou-se a 2 de fevereiro de 1614, sendo a Inquisição abolida por Simon Bolívar em 1819. Nos dois séculos em que funcionou, levou a cabo pelo menos 54 autos-de-fé; 767 pessoas foram punidas, muitas das quais acusadas de judaizantes. Nas Filipinas, a Inquisição foi estabelecida com um auto-de-fé em 1572.