Portugal

As negociações entre a coroa portuguesa e a Cúria Romana, que precederam o estabelecimento da Inquisição em Portugal (bula papal de 23 de maio de 1536), duraram mais de trinta anos, período durante o qual o dinheiro oferecido pelos cristãos-novos contrabalançava as ofertas da coroa portuguesa, oscilando em função disso as decisões do papado. Na terceira década do séc. XVI o Estado português encontra-se em grave crise econômica. O governo de D. João III empenhou-se em luta com a Santa Sé, disputando a distribuição das rendas da igreja a supremacia dos negócios eclesiásticos do reinado.

A conversão forçada de 1497 havia introduzido no seio da cristandade um numeroso grupo de letrados não-clericais - médicos, farmacêuticos, escrivães,negociantes alfabetizados - cuja concorrência ameaçava os clérigos que ocupavam as funções mais importantes do Estado. O grupo cristão-novo que constituía o núcleo principal da burguesia em ascensão foi utilizado como bode expiatório, sendo-lhe atribuídas todas as misérias da nação. Como na Espanha, a nobreza e o alto clero tinham em mãos a direção do país. A Inquisição, instituição política e religiosa, em Portugal, assim como na Espanha, representava essas camadas dominantes.

O primeiro auto-de-fé realizou-se em Lisboa a 20 de setembro de 1540, seguindo-se outros em Coimbra, Porto, Lamego, Tomar e Èvora. Em conseqüência de contínuos desentendimentos, o papa mandou suspender a atividade do tribunal a 22 de setembro de 1544. seguiram-se negociações ininterruptas até que o rei, oferecendo ao papa largas vantagens econômicas,venceu completamente (bula Meditatia cordis, de 16 de julho de 1547). D. João III (1502 -1557 ) nomeou inquisidor-mor seu irmão, o cardeal infante Henrique, que cortou toda apelação dos cristãos novos a Roma. Ficaram então concentradas numa mesma pessoa - rei e inquisidor - a suprema autoridade política e a suprema autoridade religiosa.

Os tribunais de Lamego, Tomar e Porto foram logo fechados, em virtude de irregularidades descobertas em sua administração, ficando em funcionamento apenas os de Lisboa, Évora, e Coimbra. Sob o reinado dos Filipes, a Inquisição se consolidou também em Portugal, intensificando suas perseguições. Os cristãos novos, através de um pagamento ao rei de 1.700.000 cruzados, conseguiram do papa uma "bula de perdão" (1650); não obstante, a Inquisição retomou no mesmo ano suas atividades com redobrado vigor.

D. João IV (1604-1656), sob a influência do padre Antônio Vieira, seu conselheiro, diminuiu as atribuições do Santo Ofício, abolindo o confisco dos bens do condenado. A notícia dos abusos da Inquisição portuguesa foi levada a Roma, mandando o papa Clemente X suspender seu funcionamento a 3 de outubro de 1674. mas a força do clero local se fez.