Brasil

O Santo Ofício da Inquisição nunca estabeleceu um tribunal no Brasil, apesar do grande número de cristãos-novos, hereges ou judaizantes que se encontravam na colônia. Contudo, agiu continuamente em terras brasileiras, através de seus visitadores, comissários, bispos, vigários locais e "familiares". Os bispos tinham poderes para efetuar prisões, confiscar bens dos suspeitos e enviar os prisioneiros ou seus processos para a Inquisição de Lisboa, que tratava de todos os casos relativos ao Brasil.

Na última década do séc. XVI o arquiduque Alberto da Áustria, Inquisidor de Portugal e colônias, nomeou o visitador-mor Heitor Furtado de Mendonça para "visitar" São Tomé, Cabo Verde, Brasil e a administração de São Vicente ou Rio de Janeiro. A investigação abrangia culpas de sodomia, bruxaria e blasfêmias contra a Igreja católica, incluindo luteranos e judaizantes. Os elementos mais visitados foram os cristãos-novos acusados de praticarem secretamente rituais judaicos. A primeira a ser visitada foi a Bahia (1591-1593), seguindo-se Pernambuco (1593-1595).

Após a partida do visitador, o bispo da Bahia ficou incumbido da fiscalização, realizando anualmente visitações, enviando para Lisboa os processos dos judaizantes ou hereges, prendendo, punindo ou confiscando os bens dos condenados. Os jesuítas, assim como os vigários locais, ajudavam na busca dos culpados e suspeitos.

Em 1618, chegou à Bahia o segundo visitador oficial, o licenciado Marcos Teixeira, que organizou uma comissão inquisitorial. Permaneceu na Bahia de 11 de setembro de 1618 até 26 de janeiro de 1619.

Compareceram perante o visitador, para apresentar denúncias, 52 pessoas, e foram denunciadas 134, incluindo 94 judaizantes. Em 1623, os negócios da Inquisição no Brasil ficaram a um homônimo do visitador, o bispo do Brasil, Marcos Teixeira. De 1591 até 1624, foram processados 245 cristãos-novos acusados de judaizantes.

Durante as invasões holandesas, a inquisição recebia denúncias contra os cristãos-novos, visando, então, as acusações mais ao inimigo político do que propriamente ao herege religioso. No ano de 1646 realizou-se no Colégio da Companhia de Jesus na Bahia uma "grande inquirição", encabeçada pelo provincial da companhia. Foram argüidas 120 testemunhas e denunciados mais de uma centena de indivíduos, entre cristãos- novos, somítigos,blasfemos,hereges e feiticeiros. A maior parte dos judaizantes brasileiros entregues ao tribunal da inquisição de Lisboa, durante a segunda metade do séc. XVII, era originária da Bahia: no séc. XVIII o maior número do Rio de Janeiro.

Na primeira década do séc. XVIII a inquisição fez prisões em massa. No auto-de-fé de 1711, apareceram 52 brasileiros. As perseguições e o confisco de propriedades nesses anos levaram a uma paralisação crescente na fabricação do açúcar, então o principal artigo de exportação do país, e prejudicaram seriamente o comércio. De 1694 até 1748, tiveram pena de morte, condenados pelos Inquisição de Lisboa, 18 brasileiros.O último brasileiro condenado á morte pela Inquisição, pereceu no auto-de-fé de 20 de outubro de 1748, em Lisboa.