Punições

Para os réus que se declaravam arrependidos, a reconciliação era acompanhada de diversos tipos de punições, de intensidade diversa. A mais rigorosa era a das galeras, que equivalia à morte, em virtude das condições de trabalho forçado. A prisão perpétua, com o tempo, deixou de ter aplicação, sendo as pessoas comumente libertadas depois de oito anos, ou menos.
Havia o desterro para lugares distantes, ou o confinamento por toda vida numa determinada aldeia.
Era também costume mandar arrasar a casa onde vivia o herege.
Os descendentes dos condenados sofriam por algumas gerações a proibição de entrar em ordens religiosas; ficavam excluídos de qualquer dignidade pública; não podiam ser médicos, farmacêuticos, advogados, tutores de jovens, escrivões, cobradores de impostos etc.; não podiam usar seda, ouro, prata, pedras preciosas, levar armas ou andar a cavalo.
Uma das penas mais graves, e que constituía a base financeira da Inquisição, era o confisco de bens. A pena de morte era reservada aos que se recusassem a proclamar-se arrependidos. Eram chamados "costumazes" os que perseveravam no crime; "relapsos", os que, tendo reconciliados antes, reincidiram; "diminutos", aqueles que faziam confissões incompletas e escondiam seus cúmplices; "negativos", os que se negavam a confessar.
Numerosos réus, sendo inocentes, recusaram-se a confessar as culpas que lhes eram atribuídas. Eram do mesmo modo condenados à morte. Se o réu, no último momento, pedia para morrer na lei de Cristo, era primeiro garroteado e depois queimado. Se persistia, negando seu crime ou a divindade de Cristo, era queimado vivo. As efígies de fugitivos, bem como os ossos dos que escapavam à pena por haverem morrido antes, na prisão ou sob tortura, eram também entregues às chamas.
Pelos crimes mais leves, a cerimônia era privada (auto particular). Na maior parte das vezes era pública (auto público geral) e se realizava num dia festivo, na praça principal da cidade. Os réus iam em fila, carregando velas e vestindo o "sambenito", longo traje amarelo com uma cruz negra ou desenhos de chamas.
Os condenados à morte eram levados ao "queimadeiro". Nos sécs. XVI e XVII os autos-de-fé se revestiam de grande pompa e muitas vezes se realizavam em homenagem ao rei.